野生動物研究部門
森林、農地、宅地の変化による影響を調べるために、野生動物の生態を考慮した生息地予測、人間とのかかわりの中での加害性予測、マダニ感染症の媒介に関する調査を行う。あわせて、効率化・低コスト化を可能とする野生動物モニタリング調査の新たな技術開発を行う。
安全・健康研究部門
野生動物由来の感染症のリスク評価研究を行う。野生動物の生息地の変化がマダニ類が保有する病原体や薬剤耐性菌による汚染にどのような影響をおよぼすか調べる。また、地域社会ニーズの影響として、斜面崩壊（土砂崩れ）のリスク評価研究も行う。
生活・経済研究部門
新しいコモンズの提案とそれに関する合意形成に関する研究を行う。また、集落の再編の成功条件や外部人材および先端技術が果たす役割を評価する。さらに、統合的アプローチを用いた新たな地域資源利用・管理のあり方を提示する。
森林資源管理研究部門
スギ人工林だけでなく多様な広葉樹林の森林バイオマスの推定手法とその脱炭素機能（カーボンクレジット）の定量手法の開発を行うとともに、森林が有する生物多様性保全、土砂災害防止などの機能を総合的に評価する方法を開発する。
